秦朝年间，天外陨石坠落大地，受其辐射影响而产生变异能力之人，取“畸人侔天”的古意，被统称为畸众。历代帝王借助畸众之力成就诸多功业，却又担忧其力量脱离掌控，往往在事成之后下令剿灭。至明朝，朝廷为此专设卫所，以传说中能驱邪避祟的“重明鸟”为名，创立“重明卫”。
勾栏院乃是男子寻欢作乐、沉醉风月的场所。厅堂内灯火通明，男女宾客纵情声色，推杯换盏间一片喧哗。台上说书人正慷慨激昂地讲述重明卫的种种危害，台下众人醉意醺然，哪能听得进去。人群中有一少年，眉目清朗，神采俊逸，正是此处杂役徐鹤乔(李川 饰)。他立于一旁，若有所思地望向台下。身旁的小乞丐是他的友人，二人时常互相照应。今日说书人提及徐鹤乔生父张差之事，令少年心中颇感复杂。
田大人已醉意深重，借着酒兴对周遭众人肆意谩骂。徐鹤乔被唤去取酒，只见田大人紧搂着头牌姑娘小曼，口口声声要将人娶回家中。徐妈妈虽被这番闹腾搅得头疼，仍堆起笑脸殷勤招呼。田大人攥住徐鹤乔的手腕不肯松开，又是吼叫又是呕吐，幸得徐鹤乔机敏设法脱身。徐妈妈对小曼流露几分不舍，温言安慰了几句。
此时重明灯骤然亮起，示有紧急线报。所有人员须即刻整装出发。徐鹤乔搀扶田大人进入房间，徐妈妈随后赶来。二人商议以兑水之酒灌醉田大人，令其沉睡至天明。常与徐鹤乔往来者中，有一书生打扮、常行义诊之人，名为大祁子。
一位身形娇小、面容俊俏的男子蒙面自屋顶跃下。此人名叫段容(余玥 饰)，乃重明卫成员。他从后方揽住一名勾栏院姑娘，不顾对方惊惧挣扎，强行索吻。徐鹤乔朦胧间瞥见此景，只当是寻常嫖客，转身离去时与一位魁梧客人擦肩而过，并未在意。段容胁迫姑娘不得透露今日所见，塞了些银钱，随即尾随徐鹤乔前往田大人所在之处。
徐鹤乔在门外轻声呼唤田大人，未得回应便推门而入。不料一个庞大身躯猛然向他扑来，二人撞断栏杆坠下楼去。田大人口吐鲜血，周身布满紫色纹路，重重压在徐鹤乔身上。四下宾客惊叫逃散。段容自楼下飞身而上欲擒住徐鹤乔，纠缠间其假须脱落，本人却浑然不觉，只顾扼住少年咽喉。两人四目相对，僵持不下。
锦衣卫指挥使骆思恭率众赶到，喝止混乱。徐鹤乔拽着段容向骆思恭指认凶手。段容正欲辩解，重明卫指挥使宇文桓突然现身。两部人马对峙当场，皆欲争夺此案管辖之权。骆思恭当众分析案情，姿态倨傲。宇文桓则召出段谨(陈烨林 饰)——一位奇装异服、作西洋人打扮的男子。众人只见该男子自尸身旁缓缓起身，踱步陈述案情，指出此案与十年前的畸众旧案颇有相似之处。骆思恭不敢开罪宇文桓，只得放行。段谨从田大人身上搜出令牌，骆思恭方知自家上司已然身亡，心中暗喜，却强作镇定。
大祁子被拘捕，徐鹤乔欲请其作证，证明自己并非畸众。大祁子垂首沉默不语。段容当即反驳，指称二人或有同谋之嫌。宇文桓从容指挥现场处置事宜。
回溯十年前，大雪纷飞，寒夜刺骨。官居太傅的张差单骑闯入皇宫，意欲刺杀当朝太子朱常洛。众侍卫围剿不下，方知张差实为畸众。众人不敌，急召重明卫前来。宇文桓当场将其格杀。太子朱常洛秘密接见宇文桓，虽知继位在即，却深怀忧虑，唯恐张差后人前来复仇。宇文桓洞悉太子心思，深知此案须速速了结。
骆思恭在归途中接到属下密报，为阻挠对方查案，决意夺回田大人尸身，当即调遣人马折返。双方人马爆发冲突，刀剑相交，光影纷乱。混战中，一名男子缓缓升空而起。宇文桓纵身跃起，挥刀斩落其首级，鲜血顿时喷涌而出。
夜色中的勾栏院渐渐恢复表面的平静，但暗流已然涌动。徐鹤乔凝视着眼前混乱的场面，心中疑窦丛生。他回想起说书人日间讲述的往事，那些关于畸众的传说，关于重明卫的隐秘，如今似乎正与自己的命运交织在一起。田大人的死状诡异，身上的紫色纹路显然非比寻常，而段容与宇文桓的出现更表明此事涉及朝廷隐秘力量。
段谨在仔细查验尸体后，向宇文桓低声汇报。他的西洋装扮在人群中显得格外突兀，但举手投足间透露出对畸众案件的熟悉。他指出田大人身上的紫色脉络是一种罕见的辐射残留痕迹，与十年前张差案件中的特征高度吻合。这一发现让宇文桓神色更为凝重，他意识到此事可能牵扯出更大的阴谋。
骆思恭虽然被迫让步，但心中愤懑难平。他回到锦衣卫衙门后，立即召集亲信，暗中布置调查。作为田大人的下属，他既对上司之死感到蹊跷，又不愿让重明卫独占破案之功。锦衣卫与重明卫历来明争暗斗，此案无疑成了双方较量的新战场。
大祁子被押入重明卫临时设立的拘押处。这位平日温文尔雅、乐善好施的书生，此刻面对审讯却始终保持沉默。徐鹤乔在院中焦急徘徊，他不明白这位一向友善的友人为何不愿为自己作证。段容冷眼旁观，他坚信徐鹤乔与大祁子之间必有隐情，或许两人都与畸众有着不为人知的关联。
徐妈妈在安抚好受惊的姑娘们后，独自在房中沉思。她经营这所勾栏院多年，见识过形形色色的人物，深知朝廷势力渗透的厉害。田大人之死绝非寻常命案，重明卫的介入更意味着此事涉及朝廷机密。她担心徐鹤乔被卷入其中，这少年虽为杂役，但聪慧善良，她早已视如己出。
小曼姑娘在房中瑟瑟发抖，段容的粗暴举动和威胁言犹在耳。她握紧手中那锭银子，既害怕又困惑。那位蒙面男子显然不是普通客人，他的身手和气势都显示出非同一般的身份。而她所目睹的片段，或许正是这起案件的关键线索，但她不敢向任何人透露。
宇文桓在临时指挥所内审视案件卷宗。十年前张差行刺太子一案，他亲自处理，记忆犹新。张差作为畸众中的强者，其能力之诡异令人忌惮。如今类似案件再现，且死者身居要职，这让他不得不怀疑是否张差余党卷土重来。太子，如今的皇帝，对此事的关切他心知肚明，破案压力如山。
段容卸去伪装，恢复本来面目。这位重明卫中的年轻高手，虽行事乖张，但能力出众。他对徐鹤乔的怀疑并非空穴来风，少年在案发时的表现，以及与大祁子的密切关系，都值得深入调查。更重要的是，徐鹤乔的身世——其父正是当年轰动朝野的张差，这层关系让案件更加扑朔迷离。
骆思恭的手下暗中收集着重明卫办案的蛛丝马迹。他们发现段谨并非中土人士，而是来自西洋的异人，精通各种奇术。此人受宇文桓重用，专门研究畸众相关案件。锦衣卫试图从这条线索入手，寻找制衡重明卫的方法。
徐鹤乔在夜深人静时，独自来到勾栏院的后院。他仰望星空，心中思绪万千。自幼失去双亲，在勾栏院长大，他早已习惯隐藏自己的身世。但今日之事，让尘封的记忆再度浮现。说书人讲述的父亲张差的故事，与他从零碎线索中拼凑出的形象渐趋重合。他从未想过，自己会与畸众、重明卫这些传说中的存在产生交集。
大祁子在牢房中静坐，脑海中回放着日间发生的一切。他与徐鹤乔的友谊真挚，但有些秘密他必须保守。作为曾受张差恩惠之人，他深知畸众世界的复杂与危险。徐鹤乔的特殊身份一旦暴露，必将引来杀身之祸。沉默，或许是对少年最好的保护。
宇文桓部署下一步行动。他命令段容继续监视徐鹤乔，同时派人调查大祁子的背景。段谨则负责对田大人尸体进行更深入的检验，寻找更多关于凶手的线索。重明卫的探子撒向京城各处，搜集任何可能与畸众相关的信息。
骆思恭不甘示弱，他派遣精干手下潜入勾栏院，一方面监视重明卫的动向，另一方面暗中调查田大人近日接触的人员。两股势力在这风月场所展开无声的较量，而真相则隐藏在层层迷雾之中。
勾栏院的灯火渐次熄灭，但这场由天降陨石引发的千年纠葛，正随着田大人之死掀开新的篇章。畸众与朝廷，重明卫与锦衣卫，过往恩怨与当下阴谋，交织成一张巨大的网。徐鹤乔站在网中央，尚未意识到自己的命运已与这场纷争紧密相连。夜色深沉，京城看似平静的表象下，暗潮正在涌动，等待着破晓时分的爆发。