在《李卫(秦沛 饰)当官》的前传故事里，李卫从一个市井无赖逐步成长为一代著名官吏。而在续作《李卫辞官》的剧情开端，雍正皇帝已经驾崩，乾隆(于波 饰)皇帝继承了大统。这位二十余岁的年轻君主，可谓得天独厚。雍正皇帝在十数年的统治期间，成功扭转了清王朝的衰败趋势，为国家积累了丰厚的财富。加之乾隆登基后连续数年风调雨顺，因此在他即位之初，天下便已呈现出一派繁荣昌盛的景象。乾隆皇帝凭借这样的根基，自身又天赋聪颖，才智过人，虽然年纪尚轻，却已然摆出了盛世明君的架势。常言道一朝天子一朝臣，在即位初期，乾隆对李卫并无好感，尤其反感李卫身上残留的江湖习气。碍于他是前朝老臣，能给予几分薄面已属不易。此时的李卫，虽然年事已高，但经过数十载官场沉浮，早已变得洞察世事、处事圆熟。而乾隆又是他在雍亲王府中亲眼看着长大的，他深知这位新皇帝的行事作风与雍正皇帝截然不同。看透官场人情世故的李卫，早已厌倦了各种周旋应酬，尽管身居封疆大吏的高位，却依然保持着玩世不恭的顽童性情。整部剧集便围绕着这样一对少壮君主与年老臣子的微妙关系逐步展开。
该剧由五个相互关联的事件串联而成。例如：乾隆皇帝为八叔、九叔平反昭雪所引发的灭门惨案及随之而来的政治动荡；海关道走私案件牵连江南四省三十六道的惊天大案；科举考场试题泄露事件与后宫争宠斗争相互交织的复杂局面；风流天子与女刺客之间一段春梦所牵扯出的前朝恩怨纠葛；以及太后迎奉佛骨却导致西北剿匪行动屡生波折的曲折经过……在这些事件的处理过程中，年轻的乾隆皇帝由于缺乏足够的经验，往往事与愿违，越是急于展现自己的治国才能，反而越是常常陷入窘迫境地。而李卫虽然一心想要辞去官职返回故里，却越是躲避越无法脱身，反而因为他丰富的经验和老练的手段，将一桩桩棘手的难题处理得妥帖周全。他屡次帮助乾隆皇帝保全了颜面，于是别人求之不得的晋升机会，李卫却想推脱而始终无法如愿。乾隆皇帝对待李卫的态度是矛盾的，既不喜欢他又不得不倚重他。当他对李卫最为反感之时，恰恰是李卫办成了漂亮差事的时候；当他想要重用李卫之际，李卫却自行退避，一再呈递辞官的奏折，令乾隆皇帝气恼不得又怨恨不能。李卫面对乾隆皇帝，同样感到无可奈何。由于君臣名分的约束，就像大水漫不过鸭子背，他必须恪守臣子的本分。面对乾隆皇帝那些华而不实、心高气傲的作为，李卫也时常会有戏谑之举，但由于他行事分寸把握得当，火候拿捏精准，使得任何人都挑不出毛病。
这种君臣之间的互动模式，构成了剧情发展的核心张力。乾隆皇帝在一次次事件中逐渐成长，开始理解先皇雍正重用李卫的深层原因；而李卫则在一次次解围中，不断推迟着自己辞官归隐的计划。两人的关系在冲突与协作中缓慢演变，乾隆皇帝既难以完全接纳李卫不拘一格的作风，又不得不依赖其解决棘手事务的能力；李卫则既对官场生涯感到倦怠，又无法完全割舍对朝廷事务的责任感。这种微妙平衡贯穿于每一个案件的处理过程，使得剧情在展现历史事件的同时，深刻描绘了复杂的人际关系与权力 dynamics。五个案件如同五面棱镜，从不同角度折射出盛世表象下的暗流涌动，也映照出这对特殊君臣在时代洪流中的各自处境与选择。整个叙事在保持历史背景真实感的同时，通过人物关系的细腻刻画，展现了一幅清代中期官场生态的生动图景。