在接连三道密旨的紧迫敦促之下，戍守边关的将领展颢（吕良伟饰）迫于皇命，对不愿交出铁矿的赵家村实施了屠戮。其妻当时已临近分娩，闻讯赶往现场试图阻拦，却在混乱中被误伤致死，临终前产下一名男婴。该婴孩为当地县令方子庵所救，并被他收养，取名方旭(于波 饰)（于波 饰），方子庵将其视如亲生，悉心抚育成人。而展颢本人，则由于方子庵持万民陈情书赴京城向皇帝直谏，致使屠村惨案在朝廷与民间引起巨大震动，最终成为替罪之人，以叛国罪名入狱，展氏家族亦遭满门抄斩之祸。侥幸逃脱的展颢潜入太子宫中，带走了即将满月的皇长孙，为其取名余火莲(杨俊毅 饰)（杨俊毅 饰），并自此立下誓言，定要借皇室血脉之手，倾覆大宋王朝。
二十年光阴转瞬即逝，太子即位成为仁宗皇帝。余火莲在武举考试中拔得头筹，夺得武状元功名，进入朝堂任职。在此期间，他与如今已官至御史中丞的方子庵之女方离(徐怀钰 饰)（徐怀钰 饰）相识，两人渐生情愫。另一方面，方旭在方子庵的教导下成长，性格光明磊落，对邪恶之事深恶痛绝。他在协助父亲查案的过程中，与京城首屈一指的青楼“御香斋”中的女子李柏(周海媚 饰)（周海媚 饰）由最初的敌对转为朋友，进而彼此倾心，发展出深厚感情。余火莲与方旭二人武功不相上下，性情也颇为投合，又因方离的关系，成为彼此欣赏、相互珍惜的挚友。
与此同时，朝廷官员接连遇害的案件不断发生。经新任开封府尹包拯（王卫国饰）多方调查，线索最终指向一个名为“无间道”的神秘民间反叛组织及其首领“地藏王”。方旭奉皇帝密令，佯装弑父后逃亡江湖，被“无间道”组织接纳，逐步潜入其核心阶层。然而这一过程令他备受艰辛，与李柏之间的恋情也因此屡生波折，历经重重考验。余火莲身负颠覆宋朝的使命而来，却逐渐发现仁宗皇帝、方子庵、包拯等人并非如想象中那般残暴昏庸。但父亲展颢的命令难以违背，使他时常陷入矛盾与痛苦的挣扎之中，所幸依靠方离的坚定支持与陪伴，才得以度过一次次心理危机。
方旭日益获得地藏王的赏识与重用，而性情不羁的余火莲也渐渐得到仁宗皇帝的欣赏与包容。这两对父子，在彼此全然不知血缘亲情存在的情况下，共同走过了一段充满较量、恩怨与风雨的漫长道路。