毕业于埼玉县立秩父农工科学高等学校食品科学科，然而他并未将厨师职业作为自己的人生志向。1985年，他加入了スタジオ风雅，开始专注于动画背景绘制与美术监督相关工作。后来，在同行冲浦启之的诚挚邀请下，他接手了《人狼 JIN-ROH》的演出职务，由此迈入了动画创作的新阶段。在担任演出工作期间，他还积极参加了由著名导演押井守主持的「押井塾」，通过系统的学习和实践，深入掌握了动画制作的精髓。在押井守的指导下，他先后参与了《阿基拉》、《魔女宅急便》、《人狼》等多部广受赞誉的动画作品的制作，积累了丰富的行业经验。他的导演处女作是《ミニパト》，随后在隔年，其首次执导的电视动画《攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX》及其后续系列作品赢得了观众与评论界的高度评价。此外，由他参与制作的影片《009 RE:CYBORG》已于2012年秋季在日本全国范围内公开上映。2024年12月13日，由他执导的动画电影《指环王：洛希尔人的战争》在北美地区正式上映。这位不断拓展创作边界的动画人，就是神山健治。
《指环王：洛希尔人的战争》（2024）机动警察迷你版（短篇动画/2002）导演攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX（2002~2003）导演系列构成编剧1 14分镜1 4 9 16攻壳机动队 S.A.C. 2nd GIG（2004~2005）导演 系列构成 编剧5(佐) 6(藤) 7(藤) 8(佐) 9(佐縰) 11(大) 12(大) 13(大) 14(樱) 15(樱) 16 18 19 20 21 22(佐) 23 24 25 26分镜26攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX Solid State Society（OVA/2006）导演 编剧(菅正太郎、樱井圭记と共同)分镜(吉原正行と共同)精灵守护者（2007）导演 系列构成 编剧(全部) 1 2(冈) 3(樱) 4(桧) 5(冈) 6(菅) 7(桧) 8(樱) 9(冈) 10(菅) 11(桧) 12(樱) 13(冈) 14(菅) 15(桧) 16(樱) 17(冈) 18(菅) 19(桧) 20(樱) 21（冈） 22(菅) 23(桧) 24(樱) 25(冈) 26(菅) 分镜 1真·女立食师列传 第3话 「蒲公英」（写实电影/2007）导演 编剧 演员东之伊甸（2009）原作 导演 编剧1(伊) 2(福) 4(冈) 6(カ) 7(福) 8(佐) 9(冈) 10(菅) 11(カ)分镜1(吉) 5(吉河P) 10(吉河P京) 11(吉河P京)东之伊甸剧场版1The King of Eden（动画电影/2009）原作 导演 编剧分镜(吉原正行、河野利幸、柿本広大、京极义昭と共同)东之伊甸剧场版2 Paradise Lost（动画电影/2010）原作 导演 编剧分镜(吉原正行、柿本広大、京极义昭と共同)攻壳机动队 STAND ALONE COMPLEX Solid State Society 3D（动画电影/2011）导演 编剧(菅正太郎、樱井圭记と共同)分镜(吉原正行と共同)Xi Avant（短篇动画/2011）原作 导演 编剧 分镜009 RE:CYBORG（动画电影/2012）导演 编剧午睡公主（动画电影/2017）导演
城市猎人（1987） 背景AKIRA（动画电影/1988） 背景魔女宅急便（动画电影/1989年） 背景冒险！依煞3（OVA/1990） 美术板THE 八犬传（OVA/1990） 美术 6 ※神山けんじ名义老人Z（动画电影/1991年） 美术导演候补 (串田达也と共同)BURN-UP（OVA/1991）美术导演跑吧！美乐斯（动画电影/1992） 背景三毛猫ホームズの幽霊城主（OVA/1992）美术导演电影少女 -VIDEO GIRL AI-（OVA/1992） 背景THE 八犬传 新章（OVA/1993）美术导演1 3 6ジェノサイバー 虚界の魔獣（1994）美术导演POLICENAUTS（1995） アニメーションユニット 监修异空大冒险OVA（OVA/1995） 背景协力黄昏狂蟒（1999）编剧BLOOD THE LAST VAMPIRE（动画电影/2000）编剧人狼 JIN-ROH（动画电影/2000）演出徽章战士（1999~2000）分镜19 34 41 48演出34 41 48徽章战士 魂（2000年）演出&分镜ED分镜17波波罗王国物语2（2000）OP导演&演出&分镜召唤之夜2（2001）OP演出&分镜手机探员7（2008）OP分镜009（短篇动画/2010）编剧
神山健治の映画は撮ったことがない‰画を撮る方法昰论（INFASパブリケーションズ/2009）东之伊甸（MEDIA FACTORY/2009）东之伊甸剧场版 The King of Eden Paradise Lost（MEDIA FACTORY/2010）攻壳机动队 S.A.C. SOLID STATE SOCIETY（讲谈社/2011）
在动画电影《立食师列传》（2006年）中，神山健治亲自出演了神山店长一角，展现了其作为创作者的另一面。随后，他于2007年1月19日受邀参与了NHK综合电视台的专题节目《にんげんドキュメント》，该集以“対话がアニメを作り出す”为主题，深入探讨了动画制作过程中团队对话与创意碰撞的核心作用。紧接着，在2007年3月26日，NHK BS频道播出了名为《精灵守护者彻底研究》的特辑节目，该节目系统性地剖析了神山健治执导的动画作品《精灵守护者》，从世界观设定、角色塑造到制作理念进行了全面而细致的解读。此外，在2011年9月24日，神山健治还出席了由YouTube与GEO联合举办的“YouTube x GEO Creator Day 2011”行业活动，该活动通过YouTube日本的官方合作伙伴频道进行了线上直播，旨在促进创作者之间的交流与合作，分享数字时代的内容创作经验。