在童年时期，商毅便开启了足球训练之路，他进入天津市和平区业余体校，开始系统学习足球技艺。从1991年到1993年，商毅持续在天津汇文中学队效力，这段校园足球经历为他奠定了重要的基础。随后在1993年至1998年间，商毅凭借出色表现入选了备受瞩目的健力宝青年队，并随队远赴巴西进行长期留学与训练。在巴西留学期间，他随队参加了多项国际赛事，取得了不俗的成绩，其中包括于1995年获得的尼泊尔国王杯冠军，以及在1997年印度尼赫鲁金杯赛中收获的季军荣誉。这些宝贵的经历不仅锻炼了他的足球技术，也为其后来的职业发展积累了重要的国际比赛经验。
一九九八年五月，随着健力宝青年队结束海外学习返回国内并宣告解散，商毅正式加入了北京国安足球俱乐部，他与同期崭露头角的庄毅、李毅一同被球迷和媒体合称为“三毅”，成为当时国安队中备受瞩目的年轻力量。同年五月二十三日，在中国足球协会杯赛第二轮首回合较量中，商毅于第八十一分钟成功破门，助力球队在客场以三比零的比分战胜广东宏远队。七月十八日，中国足球甲级A组联赛第十四轮赛事中，他在第九十分钟再度取得进球，帮助北京国安在主场以四比一击败深圳平安队。仅仅一周后的七月二十五日，甲A联赛第十五轮，商毅在第七十七分钟攻入一球，最终球队在客场与沈阳海狮队战成三比三平局。十一月二十八日，联赛第二十五轮面对劲旅大连万达实德队，商毅在开场仅第八分钟便打入全场唯一进球，使北京国安在客场以一比零力克对手。整个一九九九赛季，商毅代表北京国安队在联赛中共计出场二十二次，贡献了三粒进球。进入二零零零年七月三十日，甲A联赛第十九轮对阵深圳平安科健队的比赛中，商毅在一次带球突破过程中被对方后卫铲倒，赛后经诊断其左膝外侧一根韧带断裂，伤势较为严重。八月八日，他在北京大学第三医院接受了手术治疗。该赛季，商毅因伤病影响仅在联赛中出场十二次。二零零一年九月九日，中国足协杯半决赛次回合，商毅在第八十九分钟的关键进球帮助球队以三比一战胜武汉红金龙队。二零零一赛季，他在联赛中同样出场十二次。次年一月，商毅曾前往西班牙费罗尔运动足球俱乐部参加试训，但最终未能获得签约机会。二零零二赛季，他在联赛中的出场次数减少至九次。二零零三年三月十二日，北京国安队正式更名为“北京现代汽车足球队”。同年七月二日，全国足球甲A联赛第七轮，商毅效力的北京现代队以零比二不敌八一湘潭队。十月十一日联赛第十九轮，北京现代队以四比一大胜青岛贝莱特队，商毅于下半场替补登场。十月二十六日第二十二轮，他所在的北京现代队以五比零大胜八一队。整个二零零三赛季，商毅代表北京现代汽车队在联赛中累计出场十一次。值得提及的是，在该赛季甲A联赛第七轮比赛中，留下了商毅（左）带球突破的赛场瞬间。 二零零四年一月十四日，商毅以租借形式加盟西班牙乙级足球联赛球队赫雷斯足球俱乐部，由此成为中国首位登陆西班牙职业联赛的球员。二月一日西乙联赛第二十二轮，商毅于下半场第六十八分钟替补出场，完成了个人在西乙联赛的首秀，最终球队在主场零比一负于特拉萨队。二月二十二日联赛第二十五轮，商毅在第八十三分钟的头球攻门导致对方球员自摆乌龙，帮助赫雷斯队在客场三比三战平莱加内斯队。二月二十九日第二十六轮，商毅在比赛最后二十分钟替补出场表现活跃，但球队仍以零比一不敌努曼西亚队。直至六月十二日联赛第四十一轮，商毅在第八十分钟攻入了自己在西乙联赛的首个进球，这也是中国球员在西班牙联赛中取得的历史性首球，最终赫雷斯队在客场一比一战平加蒂斯队。在二零零三至零四赛季的租借期间，商毅代表赫雷斯队在联赛中共出场八次，打入一球。同年六月二十日，商毅结束租借返回北京国安足球俱乐部。九月十五日，二零零四赛季中超联赛第十轮，商毅在第九十分钟替补登场，而与此同时山东鲁能队的矫哲禁区前劲射破门，最终北京现代队被一比一扳平比分。十月十六日中超联赛第十五轮，商毅于第六十一分钟替补出场，帮助北京现代二比零击败青岛贝莱特队。十月三十日，在北京现代主场三比零战胜上海申花队的比赛中，商毅在第八十九分钟获得出场机会。二零零四赛季，他代表北京现代汽车队在联赛中出场八次。 二零零五年四月三日，中超联赛首轮对阵沈阳金德队，商毅在下半场受伤离场，随后被诊断为右肩锁关节挫伤。五月十五日联赛第九轮，商毅登场助阵，帮助北京现代三比一战胜上海中邦城市队。七月二十三日，在北京现代与皇家马德里队的友谊赛中，商毅于下半场第二十二分钟替补出场。整个二零零五赛季，他在联赛中累计出场六次。该赛季第九轮联赛中，留下了商毅（左）争顶头球的比赛画面。 二零零六年一月十五日的一场友谊赛中，商毅在第二十三分钟单刀赴会取得进球，最终球队在海南金鑫基地一比零击败韩国Hummel队。五月十三日中超联赛第十三轮，商毅在北京国安主场迎战辽宁队的比赛中替补出场，帮助球队一比零获胜。十月十五日联赛第二十九轮，北京国安主场对阵长春亚泰，商毅于第四十六分钟替补登场，助力球队一比零战胜对手。十月二十二日联赛第三十轮，商毅在第四十五分钟替换杨璞上场，但北京国安最终零比二不敌厦门蓝狮队，从而以赛季季军的成绩结束二零零六赛季。该赛季，商毅在联赛中出场六次。二零零七年四月一日，中超联赛第四轮北京国安迎战深圳上清饮队，商毅在下半场替补出战。六月十六日联赛第十三轮，北京国安客场挑战天津泰达，商毅在第六十六分钟获得出场机会，最终球队零比一告负。二零零七赛季，他在联赛中仅出场两次。二零零八年六月二十九日中超联赛第十一轮，北京国安对阵上海申花，商毅再次以替补身份登场。整个二零零八赛季，他在联赛中仅有一次出场记录。赛季结束后，商毅正式从北京国安足球俱乐部退役，结束了自己的职业球员生涯。
二〇〇〇年四月二十五日，在一场国际友谊赛中，商毅首次身披中国国家男子足球队战袍，于国际A级赛事中亮相。该场比赛最终以中国国家男子足球队一比零战胜中国香港足球代表队而告终。随后的七月十三日，在另一场友谊赛对阵水晶宫队的较量中，商毅于比赛第六十分钟成功为中国队攻入一球，助力球队以三比一的比分赢得胜利。然而，就在同一年，商毅不幸遭遇韧带损伤，这一伤病导致他遗憾地错过了后续的世界杯赛事。纵观其整个国家队生涯，商毅累计仅代表中国国家队出场两次，这两次宝贵的经历便构成了他国脚生涯的全部记录。
二零零三年八月十九日，中国足球运动员商毅与曾为国家队效力的乒乓球运动员邬娜正式办理手续，登记结婚，组建了家庭。两年多后，即二零零五年二月二日，邬娜于北京的一家医院通过剖腹产手术，平安诞下一名男婴。这个孩子便是日后在网坛崭露头角的商竣程，他的出生为这个体育之家带来了新的喜悦与期待。
商毅在球场上的移动速度非常迅捷，同时拥有细腻而扎实的脚下技术，这使他在边路突破时展现出鲜明的个人特点。他个性鲜明，意志顽强，始终保持着不服输的劲头，在进攻端表现出强烈的侵略性。比赛中，他从不畏惧任何对手，敢于果断摆脱防守并完成射门；即便出现失误导致球权被断，他也会毫不犹豫地全力回追反抢，展现出极强的比赛投入度和责任感。
商毅在球队中担任前锋的角色，他不仅拥有出色的启动速度，能够在瞬间爆发出强大的冲击力，而且身体的柔韧性也极为突出，这使得他在高速奔跑中依然能够灵活地控制身体姿态。他尤其擅长在带球过程中进行巧妙的变线跑动，通过突然的节奏变化和方向转换来摆脱防守球员的纠缠。更为重要的是，商毅在比赛中展现出强烈的进攻意识与无畏的穿插勇气，时常果断地插入对方防线的空当或肋部区域，这种积极主动且难以预测的跑位方式，往往令对手的后卫线在反应上慢半拍，从而陷入措手不及的被动局面。