该学者于1980年获得台湾大学农业推广学系乡村社会组学士学位，随后于1988年取得台湾大学农业经济硕士学位，并进一步于台湾大学完成经济学博士学位。在完成博士学业后，其曾赴美国康奈尔大学从事博士后研究工作，进一步深化了自身的学术训练与研究能力。
邱毅在投身政治领域之前，曾于敦仁插大补习班担任经济学教师，当时他使用“程伟”这一别名进行教学活动。在敦仁插大补习班结束运营之后，他转而创办并经营了一家颇具知名度的教育机构，即“陈伟补习班”，并亲自在该机构担任授课教师。这家补习班是邱毅与其前妻谢京睿共同合作创办的，他在补习班内使用的教学名称正是“陈伟”，凭借出色的教学成果与口碑，该补习班在相关行业领域内赢得了广泛的声誉与影响力。邱毅与谢京睿两人均被视为这家补习班的核心教学骨干，以其深厚的专业功底和生动的授课风格，成为深受学生欢迎的王牌教师。
一九九四年，台湾地区举行了首次省长直接选举，在这一重要的政治事件中，邱毅开始为时任中华社会民主党党魁的朱高正助选，通过积极参与此次选举活动，他逐渐在台湾政论圈积累起知名度，为其后续的政治与评论生涯奠定了初步的基础。
在2000年的台湾地区领导人选举中，邱毅曾担任宋楚瑜竞选总部的发言人，随后宋楚瑜组建亲民党，邱毅也随之加入该党。隔年举行的“立法委员”选举中，邱毅投入高雄市第二选区参选，该选区应选名额为5席，而友军国民党在同一选区提名了3位候选人，形成夹击态势。尽管如此，邱毅仍成功突围当选，而国民党提名的3位候选人则全部落败，未能取得任何席次。到了2002年台湾地区“直辖市”市长暨市议员选举，在邱毅的积极辅选与组织带领下，亲民党在高雄市议员选举中取得提名9人当选7人的优异战绩。然而随后爆发的高雄市议长贿选案导致多位议员资格丧失，2003年进行了市议员补选。尽管在邱毅的努力经营下，亲民党在此次补选中未能赢得席次，但所获选票数量仍保持在一定水平，表现并不算差。2004年台湾地区领导人选举中，陈水扁与吕秀莲以不足3万票、仅约0.228%的微弱差距险胜连战与宋楚瑜组成的搭档。由于双方票数极为接近，加之投票前一天发生了引发广泛关注的“319枪击案”，泛蓝阵营支持者普遍质疑民进党操纵选举过程，不满情绪迅速蔓延，各地陆续出现抗议集会。在高雄市，邱毅带领大批群众前往高雄地方法院前聚集，要求重新验票。现场群众情绪激动，推挤冲撞位于市中一路的院检大楼大门。当时站在宣传车上的邱毅指挥司机驾车冲撞法院建筑，导致多名执勤警察受伤，相关画面通过媒体传播后引起社会震动。高雄高分院于2006年依据首谋聚众妨害公务罪对邱毅作出有罪判决，案件经上诉后由“最高法院”审理。2007年3月22日，“最高法院”驳回上诉，维持原判，邱毅最终被判处1年2个月有期徒刑定谳。在同年底举行的新一届“立法委员”选举中，邱毅再次代表亲民党参选，并成功当选。
在2005年初，由于对当时执政党推动的所谓“扁宋会”等一系列政治举措持有强烈的反对立场，这位政治人物最终做出了退出所在政党的决定。其退党声明中的一段文字被节录并公开，内容深刻而充满情感：“当初是你引领我踏入这场复杂的政治游戏，如今若要追究，也只能责怪自己过于投入剧情，以至于全然忘却了政治本质上的变幻无常与冷酷现实。直到面临家破人亡的境地，我才猛然惊觉，原来自己始终徘徊在‘你’所划定的圈子之外。那句‘要走请便’、‘脱线’般的决绝言辞，如同当头棒喝，让我彻底清醒。既然在棋局中卑微如刍狗，除了忍痛转身告别，已别无选择。”这番陈述不仅流露出深深的失望与醒悟，也折射出政治生涯中的个人挣扎与理想幻灭。
自二零零五年年中起，邱毅便频繁参与《2100全民开讲》的节目录制，随后于二零零六年一月二十四日，在中国国民党荣誉主席连战及当时“立法院长”王金平的共同推荐下，正式加入中国国民党。同年八月二十二日，台湾高雄捷运工地发生泰国外籍劳工暴动事件，此后邱毅在TVBS《2100全民开讲》节目中公开指控，指称“总统府”副秘书长陈哲男涉嫌非法接受工程业者的招待。尽管“总统府”与高雄市政府方面最初对此予以否认，但邱毅随后接连出示多项关键证据，证实高雄捷运工程中确实存在舞弊情节。这些证据包括陈哲男在韩国济州岛赌场活动的照片，以及工程仲介公司华擎与前高雄市长谢长廷之间的往来记录，从而彻底揭穿了“总统府”、高雄市政府及陈哲男方面的不实说法。此事迅速引发社会各界与新闻媒体的广泛关注，促使检调单位启动深入调查，并间接导致时任“行政院院长”的谢长廷请辞下台，以及高雄市代理市长陈其迈被撤换。时任领导人陈水扁在接受民视采访时公开表示，高雄捷运弊案纯属“高雄人在高雄的事”，自己对此完全不知情，此番言论也被外界视为陈水扁与谢长廷关系最终决裂的重要原因之一。外籍劳工暴动与高雄捷运弊案接连爆发，严重冲击了民主进步党在后续县市长选举中的选情，最终致使民进党在该次选举中仅于南部地区赢得六个县市的首长席位。
二零零六年五月，台湾地区政治人物邱毅在电视节目《2100全民开讲》中公开揭露，时任领导人陈水扁的女婿赵建铭涉嫌卷入台开公司内线交易弊案。邱毅指出，赵建铭曾于三井日式高级料理餐厅获取不应公开的内部信息，并借此进行非法股票交易，这一行为随后被司法部门调查证实。同年五月二十四日，台北地方法院裁定将赵建铭收押至台北看守所。由于邱毅及检调单位陆续出示的证据，与“总统府”及赵建铭本人先前声明的说法明显矛盾，致使陈水扁及其家庭的公信力遭受严重打击，社会舆论哗然。此事进一步激化了政治对立，间接促使中国国民党与亲民党等主要在野力量于同年六月在“立法院”推动针对陈水扁的罢免议案。为表达诉求，邱毅又于二零零六年十月三日及十月十日两度参与大规模的反贪腐倒扁集会，公开要求陈水扁辞职下台，但最终因罢免案未能达到法定的通过门槛而无果而终。 二零零七年三月二十二日，邱毅本人亦因法律案件面临司法判决。最高法院对其所涉二零零四年台湾地区领导人选举后率众包围并冲撞高雄地方法院一案，维持二审原判，依据“首谋聚众滋扰罪”判处其有期徒刑一年两个月，全案定谳。为防止其潜逃，司法机关随后将其照片通报至各出入境口岸进行布控。此后，由于当时当局实施减刑，邱毅的刑期得以缩减为七个月。在入狱服刑之前，他与妻子办理了离婚手续。同年四月二十日，邱毅再度对外爆料，称在震动社会的“三一九枪击案”发生期间，“总统府”账户有数千万来历不明的资金流动，并出示了相关的交易明细记录作为佐证。对此，“总统府”方面迅速回应，称邱毅所出示明细中的“分行别”与“科目别代号”等均属未曾使用过的空号，指责该文件系伪造的不实信息。 二零零七年四月二十六日，邱毅正式入狱服刑，其在狱中的编号为3665。经过七个月的刑期，他于同年十一月二十日上午获释出狱。政治生涯并未就此终结，在二零零八年一月十二日举行的第七届“立法委员”选举中，邱毅以中国国民党不分区“立委”候选人名单第五顺位的身份，成功当选并重返政坛。二零零九年十月十一日晚间，中国国民党举行第十八届第一任中央常务委员选举，除七席为指定席位外，其余三十二席经由选举产生，邱毅在此次选举中首次当选为国民党中常委。然而，在二零一二年一月十四日的高雄市第七选区“立法委员”选举中，邱毅不敌民主进步党候选人赵天麟，竞选连任失败（赵天麟获得74910票，邱毅获得64981票）。二零一五年一月，已卸任“立法委员”职务的邱毅以国民党中央委员身份发表看法，指陈水扁是“台独”及“一边一国”主张的精神领袖。时间推进至二零二五年十一月，邱毅以台湾地区学者的身份，应邀出席在澳门举办的“海洋·记忆·共同体——纪念郑成功诞辰四百零一周年学术研讨会”。在会议的主题演讲环节中，他详细阐述了历史人物郑成功的精神遗产，并探讨了其对当代社会可能带来的诸多启示。
在2011年，针对国民党籍立法委员占多数的立法院决定恢复军公教人员优利存款的18%利率一事，民进党方面提出了公开批评。同年1月12日，邱毅在TVBS电视台的政论节目《2100全民开讲》中揭露，时任民进党主席的蔡英文以及部分前民进党高级官员实际上也享有18%的优惠存款利率，他指责蔡英文不应在自身领取优厚利息的同时又公开批评该制度。邱毅进一步计算出蔡英文的存款额度约为新台币410万元，据此推算其每年可领取的优惠利息高达73万元，平均每月领取金额超过六万元，因此也将她归入所谓“肥大官”的行列。面对这一指控，民进党发言人郑文灿于次日代表蔡英文宣读声明，重申民进党坚持推动18%改革具有必要性，同时为避免议题失焦，蔡英文决定主动放弃其享有的优惠利率存款待遇，直至公务员退休制度完成符合公平正义原则的改革为止。然而，事件并未就此平息；1月15日，同样领取18%优惠利息的台湾国策智库董事长、前行政院副院长吴荣义公开表示，他未来仍会继续领取该项利息，并称“领取18%却批评18%才是真正的改革”。对此，邱毅强烈谴责吴荣义的言论，批评其行为毫无廉耻，犹如“强盗高谈阔论如何整顿社会治安”，认为其说辞完全不合逻辑。
新党主席郁慕明于本月19日对外公开证实，新党方面计划在20日或21日正式对外公布其不分区民意代表提名名单。据悉，在这份备受关注的名单中，前国民党籍民意代表邱毅将被列为排名第一位的候选人，这一安排预计将引发各界对于新党后续政治动向的广泛讨论与关注。
二零零七年三月二十二日，邱毅因被指控在二零零四年“总统”大选后率领群众包围高雄地方法院，并指挥货车冲撞该院，最高法院最终维持二审原判，依据“首谋聚众滋扰罪”判处其有期徒刑一年两个月，全案定谳。判决确定后，为防止其潜逃出境，邱毅的照片被迅速张贴于各大港口进行监控。此后，由于立法院推行特赦政策，其刑期连带获得减刑，缩短为七个月。在入狱服刑之前，邱毅与妻子办理了离婚手续。同年四月二十日，邱毅公开爆料，指称在三一九枪击案发生期间，“总统府”有数千万来历不明的资金流入，并出示了相关的交易明细作为证据。对此，“总统府”方面回应称，邱毅所提供明细中的“分行别”与“科目别代号”等均属未曾使用的空号，进而指认该文件系伪造的不实资料。四月二十六日，邱毅正式入狱服刑，在狱中的编号为“3665”。服满七个月刑期后，他于二零零七年十一月二十日上午提前获释出狱。随后，在二零零八年一月十二日举行的第七届立法委员选举中，邱毅以中国国民党籍身份，于不分区立委名单第五顺位当选。 然而，此后邱毅转战区域立委选举，在参选第八届立委选举高雄市第七选区时，根据二零一二年一月十四日的开票结果，该选区由民主进步党参选人赵天麟获得最高票，邱毅因而未能当选。在另一场合，台北地方法院承审法官周占春裁定陈水扁无保释放，当时身为“立委”的邱毅前往监察院告发周占春，却猝不及防地遭到陈水扁的支持者黄永田当众扯落假发。邱毅返回立法院整理仪容后，形容自己的心情“仿佛当街被脱去衣物”，但他也表示自己将愈挫愈勇。关于是否提出告诉，邱毅指出强制罪属于公诉罪，因此并非取决于他个人是否提告。他进一步表示，感觉此事背后存在预谋，一切意图在于扭曲公众焦点；在民主社会中，遭遇如此粗暴举动令他感到匪夷所思，他认为支持陈水扁的人士是想借此方式阻止他持续爆料，并称自己怜悯那些被陈水扁所操弄的人们。 黄永田当时担任“台湾国908台南市分会”会长，他在检察官面前辩称自己只是想与邱毅“合影留念”，却被警方误认为意图袭击邱毅而将其拉开，在重心不稳的情况下意外扯掉了邱毅的假发。台北地检署检察官张友宁考量到邱毅并未实际受伤，准许黄永田以新台币一万五千元交保。但张友宁在开完庭回到办公室后，观看电视新闻播出的过程画面，发现实际情况与黄永田的说法存在出入，不禁直言“有受骗的感觉”。黄永田则改口称，不小心扯掉假发是他在警方笔录中的说法，至于真正的动机“还需要想一想”，并承诺会公开说明。陈水扁卸任后，黄永田曾多次邀请陈水扁至台南市参访。在陈水扁遭羁押期间，他也发动支持者前往台北土城看守所进行声援。他解释“台湾国908台南市分会”中的“908”数字，意指日本于一九四五年九月八日撤出台湾，他认为台湾从该日起即已独立。据台湾《中国时报》报道，针对陈水扁支持者黄永田扯落邱毅假发一案，台湾高等法院于十五日驳回黄永田的上诉，依强制罪判处其有期徒刑五个月，得易科罚金，全案定谳。 在评价学生反对服贸协议的行动时，邱毅将其立场概括为“反中反统一”。二零一四年太阳花学运爆发后，邱毅在中国大陆的中央电视台《海峡两岸》节目中，出示数张据称是学运期间立法院内的照片，谴责民主进步党在暗中资助物资、挑动学生暴动，其所指涉的物资包括零食、酒类与香蕉。然而节目播出后不久，其说法立即遭到大量网友抨击为造假，尤其是指称其中一张所谓供应香蕉的照片，实物实为向日葵（即本次学运名称“太阳花”的由来）。实际上，邱毅出示的照片并不十分清晰，但从外形判断确实更近似向日葵，且根据其他影像资料证实，当时立于立法院发言台上的黄色物体确为向日葵，因此引发众多网友对其言论真实性的讥讽。三月二十九日，邱毅在《新闻追追追》节目中，被同为嘉宾的“宅神”朱学恒以当场吃香蕉的动作暗讽其“眼残”，误将太阳花看作香蕉。此事一时间成为各大媒体焦点，使邱毅沦为笑柄。邱毅对此事的回应强调“重点在于反服贸本身而非香蕉”，却并未进一步解释他在节目中所声称的“我已经查证过了”具体所指为何。 邱毅认为，解决当时僵局最核心的灵魂人物是王金平，马英九必须与王金平达成和解，再请王金平出面召集朝野协商，从而实现朝野和解，此举方能切断学生对运动的外围支持力量，这才是解决问题的关键。他警告称，“如果一星期内不能解决，学生下一步一定会转向国民党中央党部和‘总统府’，届时事情将更加难以收拾”。在邱毅的分析中，此次学生抗议活动是由少数几位领袖所主导。而随后发生的占领“行政院”事件，更使得原本相对理性的学运开始变调。这种以街头运动进行政治勒索、协助幕后协商的方式，若任其发展，对学生运动的危害可想而知。此外，这种经过提前准备与策划的街头运动，还催生了兼职性质的“走路工”。这些人每逢抗议活动便出现，抱着到此一游、既有便当可吃又能领取工资的心态参与其中，邱毅指出，这种现象对于台湾真正的社会运动与学生运动的长远发展绝非好事。
第一任妻子为夏姓女士，两人于1982年正式结婚，这段婚姻持续至1993年，最终以离婚告终。第二任妻子是谢京睿，她于1993年与当事人结婚，两人的婚姻关系维持到2005年结束。谢京睿女士拥有深厚的学术背景，她先后取得了台湾大学的商学硕士学位以及北京大学的经济学博士学位。在事业上，她与萧弘老师共同经营台北地区知名的补习机构——陈伟研究所，并担任负责人。此外，她本人也是该补习班中备受学生欢迎的经济学名师，值得一提的是，她早年还曾师从于知名人士邱毅，是其学生之一。
由于前夫投身政治活动，他的前妻始终难以理解这一选择，两人为此曾多次发生争执。邱毅对此深有感触地表示：“倘若我当时能够及时退出政坛，或许就不会走到离婚这一步。直到今日，我依然在等待前妻的回心转意，这也是我至今未曾开始新感情的主要原因。”对于前妻因自己参与政治而最终选择离开，邱毅至今回想起来仍感到十分懊悔与遗憾。谈及此次在“立委”选举中失利，甚至因此失去了婚姻，邱毅不得不重新审视自己未来的发展方向。他透露，计划将重返校园，从事教书育人的工作。另一方面，前新闻主播陈以真此次选择褪去主播的光环，回到故乡嘉义参选“立委”。虽然最终未能挑战成功，但她的努力与付出仍然赢得了许多人的关注与肯定。陈以真也表示，自己“将不再回到主播岗位”，而是决心留在家乡，扎根基层，从新的起点再次出发。
邱毅因率先揭露陈水扁家族涉贪案件而声名鹊起，其“打扁英雄”的称号迅速传遍两岸，在大陆微博平台收获逾百万粉丝，人气热度一度直逼知名艺人小S。然而，他在此次“立委”选举中意外落败，随后在与陈水扁之子陈致中的公开辩论中情绪失控、“爆粗口”，使其公众形象进一步受损。回顾其长达十年的“立委”生涯，可谓“成也扁，败也扁”，其政治起伏始终与陈水扁密切相关。邱毅性格鲜明且极为自我，无论在亲民党或国民党内，他都始终渴望成为“舞台上最耀眼的那颗星”。尽管在政坛中知交不多，但他却拥有大量“女粉丝”的支持，每日接收近百条鼓励短信，成为推动他持续前行的最大“动能”。邱毅曾自信表示：“我的女性支持者数量必定超过马英九”，对自己“颇具女人缘”的特质感到相当自豪。时间回溯至2005年，邱毅从一份高雄捷运标单入手，逐步揭发高捷弊案，进而牵扯出陈水扁及其家族的诸多丑闻，由此在政坛崭露头角、炙手可热长达五年。然而，伴随声望日隆，邱毅却愈发感到孤独。为了追查弊案，他的激烈作风不仅打击了政敌，有时也误伤党内同仁。邱毅向来骄傲自负，但对于外界对他的评价，其实心中一直十分清楚。他曾私下对朋友坦言：“别看我表面风光，我很明白蓝营高层对我的定位是：可以临时利用，却不宜委以重任。”如今，褪去“揭弊英雄”的光环，转而以“前‘立委’”身份面对公众，邱毅仍需经历一段漫长的心理调适过程，才能真正适应角色与处境的转变。
关于离婚的具体缘由，邱毅本人并未深入谈及，然而不可否认的是，发生在319事件之后的一系列诉讼纠纷，确实是导致两人关系破裂的重要因素之一。邱毅曾表示，他与前妻之间经常因子女的教育理念和管教方式产生分歧，而319事件后续引发的官司所带来的巨额诉讼费用，更是成为了这段婚姻中难以逾越的障碍。邱毅与其第二任妻子谢京叡最初结识于师生关系，这段恋情在当时曾引发广泛争议，原因在于谢京叡被外界视为邱毅第一段婚姻中的介入者。当年谢京叡年仅十九岁，是邱毅的学生，两人年龄相差十二岁。他们于七十八年三月春日相识，由于邱毅当时已有家室并育有子女，这段关系在台湾大学校园内引起了相当大的震动。十多年前，邱毅在台大任教期间爆出的师生恋风波，一度使其教职岌岌可危。当时邱毅向原配夏女士提出离婚要求，甚至诉诸法律途径，最终夏女士同意结束婚姻关系。此后，邱毅正式与谢京叡结婚。在2004年的立法委员选举中，谢京叡全力为丈夫助选，甚至在选前最后一夜的造势场合上，因情绪过于激动而昏倒在演讲台上。如今，这些往事在夫妻间层出不穷的矛盾与纷争中，已化作只能追忆的过往。亲民党在选举前夜于高雄市举办大型造势晚会，当晚邱毅应妻子谢京叡的请求，由她向在场群众倾诉内心感受。谢京叡提到，她不知为何此次选战格外艰难，为了争取选民支持，她每日清晨便至公园拜票，却听到民进党支持者不仅希望邱毅落选，更扬言要将他关入监狱并置于死地。讲述至此，谢京叡不禁泪流满面、哽咽难言，在主持人接过麦克风后，她突然晕厥倒地。邱毅随即抱起妻子离开会场，因等不及自家车辆，当场拦下一辆计程车，由助理紧急将谢京叡送往高雄医学院救治。尽管心中焦急，邱毅仍强忍担忧返回造势现场，因亲民党主席及副主席需为他站台而无法脱身。事后医师诊断表示，谢京叡因连日选举奔波劳累，加之情绪过度激动才导致昏厥。事实上，早在2003年11月，邱毅因成为“非常报导”光碟中的争议人物之一，就曾于17日携妻子谢京叡公开举行记者会作出说明。当时冠以夫姓的邱谢京叡语带哽咽地表示，她与邱毅结婚十年，但自邱毅两年前踏入政坛以来，他们的婚姻与家庭生活便不断被外界重新翻炒、放大检视。她进一步说道，十年前两个不快乐的人分开后，如今形成了四个快乐的人与两个快乐的家庭，她无法理解为何民进党当局要持续打压邱毅及其家人，致使他们连免于恐惧的基本自由都难以保障。
二零二五年十一月二十五日，台湾中国文化大学教授邱毅应邀赴澳门出席“海洋·记忆·共同体——纪念郑成功诞辰四百零一周年学术研讨会”，并在会上作了重要主题演讲。他在发言中系统阐述了郑成功精神在历史脉络中的独特地位，深入剖析了其所承载的丰富文化内涵，同时进一步探讨了这一精神遗产对于当代社会发展的多重启示与深刻意义。