一九八五年，潘仪君首次涉足影坛，在电影《国四英雄传》中出演了汪雅姿一角，由此开启了她的演艺生涯。一九九二年，她参与了由赖水清执导的古装剧集《末代皇孙》的演出，该剧以一名满族旗人在动荡时代中努力求存的传奇经历为主线，她在剧中生动诠释了龙月凤这一角色；同年六月，她与张复健、范鸿轩、王美雪等演员共同合作的电视剧《刘伯温传奇》正式播出，她在其中扮演了方初见。一九九三年，她出演了根据作家吴淡如小说改编而成的古装剧《英雄少年》，在剧中饰演了何婉容。一九九四年三月，她与马景涛、叶童、周海媚等知名演员联手，参与了杨佩佩制作的经典版本《倚天屠龙记》的拍摄，并在剧中一人分饰纪晓芙与杨不悔两个重要角色，展现了其表演上的可塑性；同年七月，她推出了个人的音乐专辑《你给我一片天》，尝试在歌唱领域发展。一九九五年一月，她继续发行了第二张音乐专辑《春天的花蕊》；也在同一年，她参演了一部聚焦情感议题的剧集《春风不问路》，该剧深刻描绘了一位失婚女性如何历经挣扎后重新找回自信与生活光芒的过程，她在剧中饰演了胡亚仙。一九九六年，她再次与马景涛、周海媚等演员合作，出演了由赖水清、蒋家骏、姜明海三位导演联合执导的年代剧《今生今世》，在剧中扮演李福好；同年，她与艾伟、张庭、邱心志共同拍摄的电视剧《台北灰姑娘》也在台湾地区与观众见面。一九九七年，她接连参演了《苦恋花》和《姻缘花》两部电视剧作品，分别饰演了吴秀琴和顾晓春两个不同性格的角色；随后在十一月十八日，她参演的又一部电视剧《大姐当家》于台湾中视频道播出，进一步丰富了她的演出履历。
一九九八年，演员参与拍摄了与江淑娜、张晨光、汤志伟等人合作的电视剧《被爱的女人》，并在其中成功塑造了管莉莉这一角色；同年六月，她又出演了由蔡扬名执导的情感题材剧集《世间父母》，饰演剧中人物廖明月的妹妹廖明玉；此外，在这一年里，她还参演了台湾中视制作的伦理剧《孽女花》，扮演了角色康晓璇。进入一九九九年，她加盟了一部年代剧《香蕉新乐园》，出演侯家庆的红颜知己秦冰心。二零零零年，她与邱心志、岳翎、天心等演员共同出演了一部古装剧《珍珠彩衣》，在剧中饰演金玉萱一角。二零零一年，她参演了一部根据真实人物经历改编的乡土剧《流氓教授》，该剧以林建隆教授的一生为主线展开叙述，她在剧中饰演赖妙静；五月二十八日，她参演的电视剧《青河绝唱》正式播出，她在剧中扮演何其贞；同年，她还与刘嘉玲、蓝正龙、王识贤、陈冠霖等演员合作，出演了一部家庭剧《多桑与红玫瑰》。二零零三年，她参与了尤小刚执导的电视剧《欲望2》，该剧聚焦男主人公在金融危机后面临的情感与肉体纠葛，她在剧中饰演陈星；同年，她还出演了另一部电视剧《爱•谎言•配偶栏》。二零零四年，她参演了一部古装剧《无盐女》，饰演性格略带男孩子气、为人直率勇敢的田菊芳；二月，她与胡歌、孙莉、关颖、袁弘等演员合作，拍摄了一部根据小说改编的时装剧《蒲公英》，在剧中饰演夏冰、夏雪的母亲赵向晴；四月四日，她出演的爱情题材电视剧《求婚事务所》播出。二零零五年七月三日，她参演的青春偶像剧《海豚爱上猫》播出，在剧中饰演郭艾丽；十二月十三日，她与江华、曾黎合作，参演了《新聊斋志异》中的《画皮》单元，饰演王安旭的妻子陈楚慧。二零零六年二月，她参演的电视剧《天下第一媒婆》播出，在剧中扮演九娘；同年，她主演了一部反映当代都市情感生活的爱情喜剧《大老婆小老公》，在剧中塑造了一位工作能力极强、但生活自理能力却相对薄弱的现代职业女性杨羽希。二零零七年，她参演了由金鳌勋与黄伟杰联合执导的民国题材剧集《绣娘兰馨》，在剧中饰演沈兰馨的姐姐辜纯园。二零零八年，她主演了电视剧《这三个女人》，饰演角色高秀如；十二月六日，她与邱心志、江宏恩、宗峰岩、何建泽合作拍摄的情感剧《船娘雯蔚》播出，在剧中担纲女主角洪雯蔚。二零零九年，她主演了何丽萍执导的民国剧《难为女儿红》，该剧讲述了发生在绍兴地区一个江南小镇女儿红酒馆内的种种爱恨情仇，她在剧中饰演丁以白；同年六月十六日，她主演的电视剧《船娘雯蔚》登陆荧屏，再次饰演了洪雯蔚一角。二零一零年五月二十八日，她参演的电影《拍卖春天》上映，在片中饰演一位卧底女警。
在2011年，潘仪君参与了人间渡系列中一部深刻描绘张绍南真实生平经历的电视剧《当爱来敲门》，于剧中成功塑造了吴乃美这一角色；同年8月27日，她与保剑锋、戴娇倩、林保怡等多位演员共同合作拍摄的电视剧《完美丈夫》正式播出，她在剧中饰演了行事干练、作风强势的娱乐圈女强人黄宜。进入2012年，她将演艺事业拓展至台湾，参演了当时备受关注的偶像剧《罪美丽》，并在剧中诠释了余君慧这一人物。2013年2月，她出演了电视剧《怒海情仇》，扮演了身份复杂的东方俱乐部老板、同时也是唐如茵亲生母亲的杨芳玲；紧接着在4月，她参演的另一部电视剧《爱在阳光下》上映，她在剧中饰演了菲律宾分会首位执行长林小正，展现了角色在职场中的魄力与担当。 2014年5月，潘仪君再度投入电视剧拍摄，在作品《红酒俏佳人》中饰演了名为单丽的角色；同年6月，她转向古装题材，参演了一部古装励志喜剧《犀利仁师》，在剧中化身为柳傲天的姑姑东方婉儿，展现了其表演风格的多样性；8月19日，由她主演的电视剧《B栋8楼》如期播出，获得了观众的关注；此外，在同一年内，她还参与了由导演陈伟翔执导的电视剧《千金》的拍摄，在剧中饰演了安天澜一角，进一步丰富了其表演履历。 2016年，潘仪君主演的电影《温暖》登陆大银幕，标志着她在电影领域的持续活跃。2017年3月，她参演了一部聚焦现代都市情感的励志剧《因为遇见你》；随后在10月28日，她主演的短片《繁花盛开》于高雄电影节上映，她在片中细腻刻画了老板娘菊子的形象。2018年5月，她加盟电视剧《温暖的弦》的演出，在剧中饰演了占南弦的母亲周相苓，展现了角色深厚的内心情感。 2019年10月31日，潘仪君参演的犯罪悬疑题材剧集《罪梦者》播出，她在剧中扮演了张莲生这一关键角色。时间来到2023年7月2日，她参演的新剧《八尺门的辩护人》与观众见面。2024年4月30日，她又一部参演的电视剧《这就是爱情》播出，并在剧中再次饰演了名为黄宜的角色。展望未来，2025年5月22日，她参演的电影《搜查瑠公圳》计划上映；同年10月25日，其参演的电视剧《人浮于爱》也将播出；紧接着在12月13日，另一部她参与演出的电视剧《整形过后》会与广大观众见面，持续展现其活跃的演艺生命力。
一九九八年，演员潘仪君与导演于华坤正式确立恋爱关系，这段感情持续了十年之久，直至二零零八年，两人最终选择和平分手。在交往期间，潘仪君的个人生活状态也时常受到外界关注，从流出的各类生活照中可以看出她不同时期的生活片段。例如，在部分合影中，她位于画面右侧（右一），姿态自然；另一些照片则捕捉了她独处或与友人相处的瞬间，其中一张照片中她位于画面左侧（左一），神情放松。这些留存的生活影像，从多个侧面记录了她的日常生活与个人风采，成为其演艺生涯之外一份直观的生活注脚。
二零一七年五月二十日，潘仪君女士应邀出席了第二十二届华鼎奖中国百强电视剧满意度调查发布盛典。在这场备受瞩目的行业盛会上，她以颁奖嘉宾的身份登台，亲手将象征着肯定与鼓励的“新锐演员奖”颁发给了青年演员谭松韵，以表彰其在电视剧领域展现出的出色潜力与卓越表现。
潘仪君堪称台湾演艺界中不可多得的全能型女艺人，她在歌唱、戏剧表演以及节目主持等多个领域均展现出精湛的造诣，可谓样样出色。尤其在影视表演方面，潘仪君凭借1993年版《倚天屠龙记》中纪晓芙与杨不悔两个角色给观众留下了极为深刻的印象。她在这部作品中一人同时诠释母女两代人的形象，表演层次分明且富有感染力。在塑造纪晓芙这一角色时，潘仪君将人物外表温柔婉约而内心坚韧不屈的特质把握得恰到好处，同时生动展现出其善良耿直的性格底色，更以细腻的演绎传递出角色命运中那份凄楚与娇媚并存的复杂美感。而当转换至杨不悔这一角色时，她则完全呈现出另一种鲜活风貌，将少女的青春朝气与活泼灵动演绎得淋漓尽致，并精准刻画了人物敢爱敢恨、率真明朗的鲜明个性。这两个角色虽血脉相连却性格迥异，均在潘仪君深入而贴切的演绎下成为观众心中难忘的经典形象。