一九六八年，马晓晴出生于上海市一个知识分子家庭，她的父亲担任上海冶金局的总工程师，母亲则是上海市房管局的干部，家庭环境优渥且注重教育。幼年时，父亲曾带她前往北京游玩，在短暂的居留期间，马晓晴便展现出出色的语言天赋，很快学会了一口流利标准的普通话。进入学校后，她在全区举办的朗诵比赛中脱颖而出，荣获奖项，初步显露出在语言表达方面的才能。一九七三年，年仅五岁的马晓晴进入区少年业余体校，开始系统学习游泳技能。三年后的一九七六年，八岁的她恰逢上海举办纪念毛主席畅游长江的大型庆祝活动，在浩浩荡荡的万人游泳队伍中，马晓晴成为当年年龄最小的参与者。面对江面宽阔、浪急水深的自然条件，她不仅坚持游完全程，还在身上背负着一支红缨枪，历时两个多小时，展现出超越年龄的毅力与勇气。凭借“全上海年龄最小的畅游长江者”这一特殊经历，再加上此前在区级朗诵比赛中获奖的佳绩，马晓晴逐渐在本地积累起一定的知名度。 一九七七年，九岁的马晓晴参与了上海市少年宫组织排演的小话剧《关不住的一股劲》的演出，首次登上戏剧表演的舞台。不久之后，上海市正大力推广普通话，为此举办了一场全市范围的诗歌朗诵比赛。在比赛中，马晓晴深情朗诵了《好妈妈》，其真挚动人的表现打动了现场众多观众，甚至令不少人感动落泪。由于在文艺活动中的突出表现，马晓晴随后被推选为少年宫小伙伴艺术团的团长。进入中学阶段，她继续在文艺领域发挥领导作用，担任了上海青年宫中学生艺术团的团长职务，进一步积累了艺术组织与表演的丰富经验。
1979年，年仅十一岁的她幸运地被著名导演谢晋选中，在剧情片《啊！摇篮》中饰演了天真烂漫的小湘竹一角，由此正式开启了她的演艺生涯。在完成了《啊！摇篮》的拍摄工作之后，马晓晴的心中逐渐萌生出一个清晰的愿望，那就是希望自己长大以后能够成为一名真正的“明星”。事实上，早在高中毕业之前，马晓晴就已经积累了一定的表演经验，她先后参演了剧情片《子夜》、《苦果》以及神话题材电视剧《聊斋》等多部影视作品。到了1985年，艺术院校开始进行先期招生，马晓晴满怀信心地报考了上海戏剧学院的表演系，她自我感觉考得相当不错，但为了增加录取的把握，实现所谓的“双保险”，她又紧接着报考了上海戏剧学院的导演系。然而令人遗憾的是，最终她在这两个专业的考试中都未能被录取。时间来到1986年，马晓晴没有放弃，她再次报考了上海戏剧学院表演系，并成功获得了录取资格。入学之后，一位导演系的老师向她透露了1985年她双双落榜背后的缘由：原来当时导演系方面知道马晓晴首先报考了表演系，便理所当然地认为表演系一定会录取她；而表演系方面也同样认为导演系肯定会录取她，结果在这种相互的误解与等待之中，导致了两边都没有向她发出录取通知。
一九八八年，美国旧金山音乐艺术学院在亚洲地区仅招收两名学生，当时正在上海戏剧学院表演系求学的马晓晴凭借自身努力成功考取，然而校方却拒绝批准她的出国申请。就在同一年，峨眉电影制片厂的米家山导演邀请马晓晴出演其执导的电影《顽主》，与此同时，谢铁骊导演正在筹拍《红楼梦》，也选中她饰演史湘云一角，但学校对此均持坚决反对态度。面对重重阻力，马晓晴最终选择主动退学。离开学校后，她前往北京办理出国手续，由于流程繁杂漫长，她逐渐失去耐心，最终放弃了出国深造的念头，转而留在北京投身电影拍摄。 在《红楼梦》中成功塑造史湘云之后，马晓晴立志要在退学后的三年内闯出一片天地。为此，她在完成《顽主》的拍摄后，不计较角色优劣、大量接戏，甚至曾引来谢晋导演的关切，劝诫她不要盲目接演。此后，凭借在《顽主》中的精湛演技，马晓晴获得了第九届中国电影金鸡奖最佳女配角奖的唯一提名。当时评委会主席正是谢晋导演，他出于对演员长远发展的考虑，担心她过早获奖可能选择赴海外发展，因而建议不颁发该奖项，致使该届最佳女配角奖最终空缺。尽管与大奖擦肩而过，马晓晴并未因此心生怨怼。 在一九八八年至一九八九年期间，马晓晴在主演《红楼梦》的间隙，还陆续参演了《女神探宝盖丁》、《你爱我吗》以及《家乡浪漫曲》等多部影片。一九九一年，她担纲主演了剧情片《北京，你早》，这部电影在讲述年轻人情感纠葛的同时，也悄然定格了九十年代北京独特的社会风貌与城市气息。凭借片中艾红这一角色，马晓晴再度获得第十一届中国电影金鸡奖最佳女主角奖提名。次年，她在爱情剧《北京人在纽约》中饰演姜文的“女儿”宁宁，将角色的叛逆与任性演绎得淋漓尽致，深入人心。该剧作为中国首部全程于海外取景拍摄的电视剧，生动反映了九十年代初的“出国热潮”，并在央视创下当年的收视纪录。 一九九七年，马晓晴因在儿童题材影片《我也有爸爸》中的出色表现，荣获第十七届中国电影金鸡奖最佳女配角奖。两年后，她与潘粤明合作，主演了由路学长执导的悬疑电影《非常夏日》，该片故事源于《北京晚报》所刊载的一起真实案件。同年，她在北京参演了赖声川执导的话剧《他和他的两个老婆》。由于是台湾剧目，舞台风格较为开放，给予了演员更大的发挥空间。演出中，马晓晴以比基尼造型登场，并配合一些大胆的肢体动作，在当时引起了不小的轰动。 随着知名度不断攀升，马晓晴的个人生活逐渐完全暴露于公众视野之中。她开始有意放缓拍戏节奏，决定暂时将演艺事业搁置一段时间。此后，她曾在《聊斋》中饰演容容，其角色形象亦出现在《顽主》及《我想有个家》的相关海报中。而在更早的《北京，你早》里，她所扮演的艾红一角，同样给观众留下了深刻印象。
早在一九九九年，演员马晓晴便萌生了转型成为导演的念头，她亲自执笔完成了剧本《美丽花店》，并且顺利获得了电影局的审查通过，然而项目的推进却因资金迟迟未能到位而陷入停滞。到了二零零三年，时年三十五岁的马晓选择回到家乡上海，逐渐将事业重心转向了幕后创作领域。三年后，即二零零六年，由她独立编剧并执导的电影处女作《少女》于中央电视台电影频道正式播出；这部影片深深植根于她个人的真实经历，细腻刻画了青春期少男少女在成长过程中与初恋情感之间的种种纠葛，它也被视为国内影坛较早一批直面女孩成长阵痛、并深入探讨两性平等议题的诚意之作。经历了一段较长时间的沉寂，马晓晴于二零一三年重新回归公众视野，她在导演王全安执导的影片《团圆》中饰演了角色乔玉娥的大女儿。二零一九年，她再次以编导合一的身份，推出了个人倾力打造的剧情长片《有你的世界不孤单》。随后在二零二三年八月二十八日，她参与录制的真人秀节目《无限试炼场》于中国香港实现了首播。展望未来，根据已公布的信息，由她担任编剧的电视剧作品《解忧通灵师》预计将于二零二六年二月十一日与广大观众见面。
一九八八年，当马晓晴初次来到北京发展之际，她曾与北京电影制片厂的青年导演路学长展开了一段恋情。在拍摄《顽主》期间，路学长不幸罹患重病，马晓晴为此付出了大量时间与心力，在相当长的阶段里悉心照料着他的起居与康复。据马晓晴的父亲后来回忆，他曾评价路学长是个“没良心的人”，因为就在马晓晴投入《北京人在纽约》的拍摄工作时，路学长选择了离开。尽管如此，路学长并未彻底断绝联系，而是持续给马晓晴书写信件，试图挽回彼此的关系，但历经曲折后，两人最终还是走向了分手的结局。在那段感情之后，马晓晴的人生中还陆续经历了几段非同寻常的爱情故事，每一段都为她的人生增添了独特的色彩。时光流转，至二零一四年，路学长因疾病离世，得知消息的马晓晴虽未亲自到场，却特意委托共同的朋友代为敬献花束，以默默寄托一份过往的怀念与哀思。
在青春年华里，马晓晴始终倾心于那些年长自己至少十岁以上的男性。随着岁月流转与人生阅历的积累，她的爱情观念逐渐发生了深刻的转变。她开始认为，爱情仿佛一场需要遵循特定规则的游戏，在这场游戏中，双方都应保持相对的独立与空间，没有人能够完全占有另一个人。对于婚姻，她始终持谨慎态度，总感觉自己并不十分适合走入婚姻的殿堂，也不认为自己能够胜任传统家庭主妇的角色。在她看来，承担家庭主妇的职责往往意味着巨大的付出与牺牲，而她更渴望在事业上有所建树，追寻个人的成就与价值。因此，她不仅明确表示不打算生育自己的孩子，也对领养孩子的可能性持否定态度。这就是青年时期的马晓晴所持有的人生态度与选择。
马晓晴拥有一张纯真而稚嫩的娃娃脸，这张脸庞上却镌刻着远超同龄人的丰富人生轨迹。年仅十一岁时，她便首次登上大银幕，在作品《啊！摇篮》中崭露头角；到了十八岁，国内顶尖戏剧学院的大门欣然为她敞开，开启了系统的表演学习。随后，一系列兼具典型性与深刻记忆点的角色接踵而至，仿佛命运的眷顾始终环绕其身。然而，就在众人瞩目之下，她做出了一个出人意料的决定：毅然选择退学，转而投身于当时颇具挑战的“影视个体户”行列。她决心凭借自身与生俱来的艺术天赋、敏锐的感知力以及独特的个人条件，在广阔的影视天地中开拓属于自己的道路。马晓晴可以被视为一位“本色派”演员，同时也是一位扎实的“演技派”演员；在演绎《北京人在纽约》中的女儿时，她能将自身特质与角色浑然融合，将“本色”诠释得淋漓尽致；而当需要依靠纯熟“演技”去塑造一个复杂而陌生的角色时，她又往往能精准把握人物内核，其表演甚至达到出神入化的境界，令业内专家为之赞叹不已。单从外表观察，马晓晴给人一种娇小玲珑的南方女子印象，但只需稍加留意她的言谈举止，便能清晰地感受到其内在坚韧的性格力量。正是基于这种强大而持续的内在力量，许多人都深信并期待着，在不久的将来，观众必将能在电影院里欣赏到由马晓晴集编剧、导演与主演于一身的完整作者型电影作品。