一九九五年，李红旗完成了在山东滨州教育学院美术系的学业，并于同年组建了一支摇滚乐队，亲自担任主唱。此后，他发行了歌曲《一会儿》，这首作品被收录在摩登天空推出的民谣合辑《花园村》之中。一九九九年，他从中央美术学院油画系毕业，并开始投身于诗歌创作。进入二零零零年，他的小说作品陆续在《芙蓉》、《人民文学》等重要文学期刊上发表。二零零二年，李红旗创作了其首部长篇小说《幸运儿》，这部作品标志着他正式进入长篇小说的创作领域，作为其小说处女作，它深入描绘了一群年轻艺术家对人生意义进行探索与思考的心路历程。紧接着在二零零三年，他又完成了另一部长篇小说《我感到浑身有使不完的劲》的创作。二零零五年，李红旗执导了个人第一部电影《好多大米》，该片相继入围第十届韩国釜山国际电影节“批评家的选择”单元以及第三十届香港国际电影节“亚洲数码”单元竞赛，并成功荣获第五十八届洛迦诺国际电影节亚洲电影促进联盟奖。二零零六年，他担任了剧情电影《红色满洲里》的编剧工作。二零零七年，李红旗入围并获得了文化中国年度人物大奖；同年，他还负责了剧情电影《姑妈在茶城》的美术设计。二零零八年，他自编自导了由小河、朵渔、杨波等人联合主演的剧情电影《黄金周》，这部影片成功入围第十三届釜山国际电影节主竞赛单元，角逐新浪潮奖。二零一零年，李红旗执导了一部纪录片《我们离疯人院究竟有多远》；同年，他又自编自导了剧情电影《寒假》，该片在第六十三届洛迦诺国际电影节上荣获主竞赛单元最高荣誉金豹奖。二零一三年，他执导了纪录片《神经》；同年，他还担任了纪录片《迷失广州》的导演工作。二零一六年，他再次执导了纪录片《神经二》。二零一七年十一月十一日，由他执导的纪录片《内耳炎》正式公映。
李红旗始终行走在一条高度关注私人体验与内在表达的独立影像创作道路上，他坚持以有限的成本投入制作独立电影或艺术电影，其作品常常游移于主流话语体系与边缘话语的缝隙之中。在属于他自己的私密创作空间里，他持续进行着影像语言的探索与创作主体的精神突围。他的电影呈现出一种鲜明的知识分子立场，不仅深切关注社会边缘群体的生存境遇，更替他们发出有力的呐喊，从而彰显出独立电影所承载的深刻社会审视价值。这些作品往往带有强烈的实验色彩，执着于挖掘和呈现个体意识的真实轨迹，几乎是以一种自觉的、反叛性的主体姿态直面观众。从整体上看，他的电影依然传递出一种原生态的、未经过度雕琢的质感，在拍摄技法或画面呈现上或许会显得有些粗粝，然而这种粗粝之下却涌动着一种撼动人心的真实力量。究其根本，他的电影创作实际上是在执着地捕捉和追寻某种生命或存在的特定状态，这种创作取向或许可以称之为一种“状态电影”。