二零零九年三月二十九日，SKE48第二期生的选拔结果正式公布，矶原杏华在此次甄选中成功合格。本次二期生招募共吸引了三千二百四十八人报名，经过层层筛选，最终仅有二十四名参与者通过全部三次审查。然而，在加入SKE48后的近一年时间里，矶原杏华并未获得正式剧场的公演机会。直至二零一零年八月，与她同属二期生、此前也未能升入TeamKII的加藤瑠美率先升格至Team S，这一变动似乎预示着团队内部调整的开始。同年十二月六日，随着新队伍Team E的设立，矶原杏华终于从研究生身份升格，成为Team E的正式成员。由于Team E的构成成员大多为四期生，作为二期生的矶原杏华与另一位二期生间野春香，便自然而然地成为了队伍中资历最深的成员，两人也因此被队内其他成员亲切地称呼为“妈妈”。二零一一年一月十六日，Team E的首场剧场公演“パジャマドライブ”正式拉开帷幕。在这场具有里程碑意义的演出中，矶原杏华的表现得到了前来观演的秋元康的充分肯定，并被授予当场公演的MVP荣誉，收获了外界诸多好评。二零一三年四月十五日，在SKE48第一次组阁重整中，矶原杏华的所属队伍由Team E调整至新组建的Team S。同年六月八日，在AKB48第五回选拔总选举中，她取得了第五十八名的成绩。二零一五年十二月二十九日，在Team E的一场公演活动中，矶原杏华正式宣布了自己将于二零一六年一月三十一日从SKE48毕业的决定。最终，她于二零一六年一月三十一日如期结束了在SKE48的演艺活动，正式毕业。
在偶像团体丰富多彩的演艺历程中，成员们以不同的组合名义参与了众多音乐作品的演绎。其中，第二次发布的《バンジー宣言》是以团队B.L.T.的名义呈现的，矶原杏华为此拍摄了专属的公式照片并收录于个人图册之中。随后，第三次作品《ピノキオ军》则是由シアターガールズ名义共同演绎。第四次作品《コスモスの记忆》由白组的成员们携手完成。到了第七次作品《バズーカ炮発射！》，同样由白组负责表演。而第八次作品《はにかみロリーポップ》也是由白组倾情献上，这些作品共同记录了团队在音乐道路上的成长与多样化的风格尝试。
SKE48の世界征服女子 （2011年10月3日）
Team E 1st Stage “穿睡衣兜风”公演
SKE48 曾举办一场名为“汗の量はハンパじゃない”的演唱会，该演出由LAWSON提供支持，于2010年10月3日、5日及17日分别在东京的SHIBUYA-AX、名古屋的Zepp Nagoya以及神户国际会馆的こくさいホール举行。随后，团队又参与了“Kinect for Xbox 360 Presents 1!2!3!4!ヨロシク!胜负は、これからだ!”演出，同样由LAWSON赞助，于2010年11月27日在爱知县艺术剧场的大ホール举办。进入2011年，SKE48推出了“SKE48 に、今、できること”系列演唱会，其中首场于2011年4月29日及5月2日在名古屋的Zepp名古屋举行，紧接着于同年5月2日在东京的赤坂BLITZ举办了另一场同名演出。此外，SKE48还作为演出成员之一，参与了大型团体AKB48的“AKB48 よっしゃぁ～行くぞぉ～！in西武ドーム”演唱会，该演出于2011年7月22日至24日期间，在埼玉县的西武巨蛋连续举办多日。