一九九八年，关亚军在李虹导演的电影《伴你高飞》中首次担纲主演，与高峰、黄思圣、谢润、吴惠麟、诸葛红等演员合作，成功塑造了大学生马健这一角色，由此正式开启了他的演艺生涯。二零零一年，他参与了由张秉坚执导的电视剧《野丫头》，与李冰冰、谢园、梁玉瑾等同台演出，在剧中饰演唐亚萍的侄子林雪峰，进一步积累了表演经验。二零零三年，关亚军出演了雷献禾执导的反腐题材电视剧《预谋》，与于震、张延、许亚军、刘向京等人合作，饰演了剧中人物李勇；同年七月，他又在宫晓东导演的电视剧《琴岛之恋》中亮相，与居文沛、翟万臣、刘纪宏等演员配合，出演了何勇一角。二零零四年十月，他参演了王永执导的电视剧《欲望旅程》，搭档陶泽如、杨童舒、陈小艺、赵琳，饰演了角色郭伟；到了十二月，他又在张筠执导的、反映苏南农村发展历程的电视剧《湖上人家》中出演，与赵苏婷、夏宗佑、牛犇、王馥荔合作，扮演了陆双全；同年，他还参演了一部喜剧电影《五号院》，该片随后上映。 二零零五年三月，关亚军在巴特尔执导的历史题材电影《大唐代宗》中饰演程元振，与赵阳、商蓉、王戎等演员共同演出；五月，他参演了石刚执导的电视剧《我的武林男友》，与孙兴、陈好、李威、张耀扬、唐于鸿合作，在剧中扮演了名为黑毅的角色；十一月，他再度与导演雷献禾合作，出演了青春警示剧《刻骨铭心》，搭档李小璐、孙松、韩影、潘雨晨、张铎，饰演了女主角小溪的同学张建伟。二零零六年，他出演了由雅特执导的警匪悬疑剧《危机边缘》，与许亚军、王晓娟、冯远征合作，在剧中扮演了肖黎明。二零零七年十月，他参演了雷献禾执导的涉案警匪剧《交通警察》，与程煜、李洪涛、于明加、由力等演员合作，饰演了李文墨一角。 二零零八年一月，关亚军搭档田海蓉、侯勇、孙松、王姬，共同主演了由雷献禾执导的谍战剧《狂花凋落》，在剧中饰演陈月娇的未婚夫杜二鸣；同年六月，他出演了张家和执导的民国苦情伦理剧《奶娘》，与郭珍霓、杨紫茳、张佳楠合作，扮演了叶大昌之子叶天麟。二零零九年六月，他参演的军旅爱情剧《战地浪漫曲》播出，在剧中他塑造了爱打小报告但做事认真负责的何岩这一形象；同年十一月十四日，他参演的当代悬疑剧《密战》在中央电视台综合频道播出。 二零一零年五月三十日，他与刘晓庆、刘雨鑫、王思懿等人共同主演的年代戏《凝香劫》在海峡卫视播出。二零一一年六月二十三日，他与薛佳凝、侯勇、王劲松共同主演的革命谍战剧《弹孔》在央视综合频道播出；同年，他主演的当代农村励志题材电视剧《潮人》随后在中央电视台电视剧频道播出，他在剧中饰演了为跳出“农门”而远赴美国留学的韩江；十二月十日，在央视综合频道播出的战争剧《节振国传奇》中，他饰演了国民党杀手精豆子。二零一三年九月十一日，他出演的女子动作抗日剧《红狐行动》播出；十一月十日，他主演的灾难剧《燃情密码》在中央电视台电视剧频道播出。 二零一四年三月三日，在天津卫视播出的抗战剧《虎刺红》中，他饰演了对党国敬忠职守的川西军团长刘志航。二零一六年一月四日，他领衔主演的当代军旅剧《陆军一号》在中央电视台综合频道播出；同年十月十一日，他与张曦文、任柯诺、张澎澎领衔主演的抗战剧《女子特战队》播出。二零一七年十二月二十八日，在湖南经视播出的年代谍战剧《追踪者》中，他饰演了傲气且带有些许知识分子酸气的军统特工沈穆之。 二零一八年五月二十八日，他参演的都市青春偶像剧《像我们一样年轻》在湖南卫视播出；七月六日，他与徐洪浩、于和伟、侯梦莎等人合作出演的刑侦缉毒剧《猎毒人》在爱奇艺、优酷平台同步上线；十二月十一日，他与荣梓杉共同主演的战争片《云上日出》上映。二零一九年，他主演了超次元酷炫网络剧《最强狂兵》，在剧中饰演医药专家林福章。 二零二零年九月四日，他与于震、梅婷、侯勇合作出演的现代军事军旅剧《蓝军出击》播出，在剧中饰演第一战区909旅旅长褚战刚；十一月三日，他参演的古装传奇爱情剧《燕云台》在北京卫视播出；十二月十六日，他出演的当代涉案剧《黑白禁区》在爱奇艺、腾讯视频上线。二零二一年六月一日，他出演了现代军旅剧《爱上特种兵》；七月十九日，他参演的女性都市剧《我是真的爱你》在北京卫视、东方卫视同步播出；七月二十日，在中央电视台电视剧频道播出的战争剧《烽火抗大》中，他饰演了中央军校教官高远；十月二十二日，他与曹卫宇、郑罗茜、逯恣祯等人共同出演的谍战剧《前行者》播出；十二月二十六日，他参演的现实题材军旅剧《王牌部队》在江苏卫视播出；同年，他还参演了一部农村题材电视剧《苹果熟了》。 二零二二年八月二十五日，在爱奇艺播出的悬疑刑侦剧《罚罪》中，他饰演了市政府办公室秘书庆成林。二零二三年九月十九日，他参演的消防题材电视剧《他从火光中走来》播出。二零二四年三月四日，他特别出演的刑侦缉毒剧《雪迷宫》在央视电视剧频道播出；十二月四日，他参演的悬疑刑侦剧《黑白森林》播出；十二月十八日，他参加了法制题材院线电影《狂徒末路》的发布会暨开机仪式；同年十一月五日，他参演的电视剧《西北岁月》也已播出。 二零二五年一月二十八日，他主演的微短剧《墙外桃花墙内血》播出；三月二十七日，他参演的电视剧《女巡特警之蜂鸟突击队》播出；四月二十五日，他参演的电视剧《榜上佳婿》开播；四月二十四日，他参演的电视剧《无尽的尽头》播出；八月十六日，他参演的电视剧《我们的河山》播出；九月五日，他出演的电视剧《黑白局》播出；十月二十五日，他主演的电视剧《寻找李顺章》正式开机；十二月二十五日，他参演的电视剧《罚罪2》播出。二零二六年二月四日，他参演的电影《浴血蒋家河口》正式上线。
二零一八年十一月十七日，电影《云上日出》在南京举行了隆重的首映礼，并同期举办了相关的绘画作品展览活动。作为该片的主要演员之一，他于活动现场深情朗诵了现代诗作《和平之唤》。此外，他还做出了一项具有重要意义的公益决定：正式将电影《云上日出》在公映结束后的公益放映权，无偿捐赠予南京市侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆，以期通过电影这一艺术形式，持续进行历史教育与和平理念的传播。
关亚军在演艺圈中以擅长刻画各类反派角色而著称，他所塑造的人物往往具有复杂的多面性，并非简单的善恶二分。例如在《虎刺红》中，他饰演的刘志航虽然性格阴险狡诈，行事不择手段，但其内心深处对情感却有着异乎寻常的忠诚，这种矛盾特质使得角色格外真实立体。而在《战地浪漫曲》里，他诠释的何岩虽惯于挑拨离间、制造事端，却同时展现出丰富的才情与魅力，让人又恨又叹。至于《弹孔》中那位心狠手辣、却对党国无比忠诚的徐恩铭，更是被关亚军演绎得入木三分。无论是正襟危坐的威严姿态、雷厉风行的行事作风，还是神情肃穆的瞬间，关亚军所呈现的军人形象总是灵活而饱满，充满了令人难忘的戏剧张力。在《陆军一号》一剧中，他塑造了一位颇具领导风范的军队官员“庞威”，此人因处事谨慎周密而被戏称为“谨先生”。这个角色在整个故事脉络中富有争议，虽然带有某些负面人物的色彩，但其性格构架极为饱满，蕴含了许多人性化的闪光点，经得起观众细细推敲，堪称当代军队生态的一道生动缩影。 作为内地公认的实力派演员，关亚军常被业界称为“反派专业户”，他凭借多年的演艺积淀，对角色分寸拿捏得恰到好处，在众多影视作品中成功展现了性格迥异、各具特色的人物。他所塑造的每一个深入人心的反派角色，往往利弊交织，绝非扁平化的恶人。在电视剧《战地浪漫曲》中，关亚军扮演了林永健的情敌何岩，其刻画的文工团“管家”形象细腻生动，进一步提升了他在观众中的关注度。在《预谋》中，他于举手投足间自然流露出的那种混不吝的气质，使表演更加深入人心，令人过目不忘。在电视剧《弹孔》中，他则充分演绎了那位思维敏捷、忠于党国且手段狠辣的国民党军统主任徐恩铭，通过诸多细微的小动作和精准的眼神传递，极大增强了该剧的观赏性与艺术感染力。此外，在央视八套播出的电视剧《燃情密码》中，他以“赖皮流氓”的外表演绎了雅痞角色柯凡，这一突破性的演出赢得了观众与评论界的广泛好评。